Rail Baltic on planeeritav kiirrongitee, mis killustab paljude loomade elupaiku, vähendades seeläbi kaitse all olevate liikide arvukust. Raudtee kahjustab kõrge loodusväärtusega alasid (Natura 2000 alad). Lisaks on ümbruses mürasaaste ning hävitatakse ja saastatakse kohalike elanike elupaiku. Ökodukte on liiga vähe ja seega ei saa loomad üle tee minna ning oma elupaigas ringi liikuda.